モバイル端末用サイトでは、メーカーごとやバイクタイプごと（ネイキッドバイク、スーパースポーツ、オフロードなど）にバイク物件を探せるほか、個々の物件詳細ページでは、掲載しているバイクショップへモバイル端末からそのまま在庫や価格等のお問い合わせができる機能をつけた。
掲載している物件の取り扱いバイクショップのページでは、スマートフォンからそのままショップの地図を表示することもできる。
現在、Webikeモトサーチではスマートフォンとタブレット（いわゆるモバイル端末）からのアクセスが半数を超えるまでとなっているとのこと。
