「EC-CUBEスマートフォンアプリ作成キット」は、EC-CUBE本体と同様にオープンソースとして無償提供される。ユーザーは「EC-CUBE 3.0」で構築したネットショップのURLなどソース内の数行を書き換えるだけでオリジナルのiOS、Androidアプリとして公開可能となる。
EC-CUBE 3.0で作られたECサイトと連動するため、商品、顧客、受注管理などは、いつものEC-CUBE管理画面から運用可能。「EC-CUBEオーナーズストア」で提供されている「Appiaries プッシュ配信プラグイン」を利用すれば、メールマガジンと同じ要領で会員に向けてプッシュ通知を配信することもできる。
現在、大手モールなどではメールマガジンの開封率の低下からニーズが急激に高まっている「Push通知機能」など、スマートフォンの機能を最大限に活用することができる「ネイティブアプリ」の提供が進んでいる。一方、EC-CUBE利用者のような独自ドメイン型の店舗では、開発コストや運用コストの高さからネイティブアプリへの対応が進んでいない状況で、簡単にオリジナルのネイティブアプリが提供できる環境が期待されていた。
2015年7月にリリースされた「EC-CUBE 3.0」は、旧バージョンから内部構造を大幅に刷新し、ネイティブアプリやPOSレジ連携、IoT対応等を想定し、さまざまな拡張性の向上を図っている。リリース以降も拡張性の向上を図り、今回、要望の多かったネイティブアプリへの対応を行ったとしている。